Description

Data Analyst / Bioinformaticien · R · Python · SQL · Santé, Biotech & Recherche

Data Analyst & Bioinformaticien freelance, je transforme des données complexes en insights exploitables. Grâce à ma double expertise en sciences de la vie et en data science, j’accompagne les entreprises du secteur santé, recherche ou innovation dans l’analyse, le traitement et la valorisation de leurs données.

Spécialisé dans l’analyse de données transcriptomiques (bulk, single-cell, spatial), j’ai travaillé au sein d’équipes CNRS/INSERM sur des projets de médecine translationnelle, maladies neurodégénératives et oncologie. J’ai également une solide expérience en écologie quantitative et machine learning appliqué.

Aujourd’hui, j’aide les entreprises à :

• Nettoyer, transformer et structurer leurs données (R, Python, SQL, Nextflow)

• Construire des pipelines reproductibles pour le traitement de données omics ou métiers

• Réaliser des analyses statistiques et exploratoires (EDA, modélisation, clustering…)

• Développer des dashboards interactifs et outils de visualisation (Shiny, Streamlit)

• Produire des livrables scientifiques, business ou techniques

Compétences clés :

-Langages: R, Python, Bash, SQL

-Analyse: Seurat, Scanpy, SPOTlight, stats avancées, ML scikit-learn

-Workflow: Nextflow, Snakemake, Docker, Git

-Dataviz: ggplot2, seaborn, Shiny, Streamlit

-Domaines: Biotech, génomique, santé, recherche académique, écologie, industrie

Je propose :

• Missions ponctuelles ou suivi long terme (régie ou forfait)

• Prestation 100 % à distance ou hybride (basé à Lyon / Bayonne)

• Travail documenté, versionné et livré avec rigueur

💬 N'hésitez pas à me contacter pour discuter de vos données et voir comment je peux vous aider à en extraire de la valeur !

Languages

French
Native or bilingual
English
Native or bilingual

Workplace preferences

Can work on-site

Lyon (up to 50km)

INMG/PGN, INSERM/CNRS
Bioinformatics Engineer
BIOTECH
July 2024 - Today (1 year and 11 months)
Lyon, France
Provided bioinformatics support and analysis for a multidisciplinary research team
focused on cerebellar ataxia and neurodegenerative disorders.
Analyzed multi-omics datasets including single-cell and single-nuclei RNA-seq, bulk
RNA-seq, CUT&RUN, ChIP-seq, and spatial transcriptomics.
Developed and optimized computational pipelines for data processing, quality control,
and integrative analysis of large-scale omics data.
Used Python, R, Bash and Java tools for data processing and visualization.Contacts
Worked in an English-speaking environment, contributing to projects and publications.
OMICS Python R Nextflow Biostatistics
Le Grand Research Team INMG/PGNM, CNRS,
Master's Bioinformatics Intern
BIOTECH
January 2024 - July 2024 (6 months)
7th Arr., Lyon, France
Conducted integrative analyses of multi-omics datasets on muscle samples including single-cell, single-nuclei, bulk RNA-seq, and spatial transcriptomics. Developed data processing workflows for high-throughput sequencing data and performed spatial gene expression analysis. Gained hands-on experience with state-of-the-art transcriptomic technologies and bioinformatics tools. Used Python, R, Bash tools for data processing and visualization. Worked primarily in English (oral and written reports).
omics Python Biostatistics R Nextflow
Guinet Research Team C.E.B.C, CNRS, Villiers-en-Bois,
Master's Ecology Intern
BIOTECH
January 2023 - July 2023 (6 months)
France
Investigated trophic level composition and behavior around the Kerguelen Islands using active acoustics in relation to water mass characteristics and diel cycles. Impacts on local foraging success of southern elephant seals. Managed and analyzed large datasets combining bio-logging (acoustics, accelerometer, telemetry...), applied statistical and machine learning methods. Used MATLAB, R, Python, and SIG tools for data processing and visualization. Worked primarily in English
R Biostatistiques Matlab Data visualisation Machine learning